Las construcciones carreteras requieren de un permiso avalado de la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat), sin embargo la autopista Durango-Mazatlán fue construida aun cuando faltaba uno de los permisos para concluir el proyecto.
La vía, que mide 230 kilómetros, sólo posee 130 kilómetros autorizados, el resto se encuentra al margen de la ley. En diciembre de 1997 se publicó el documento que avala los trabajos del kilómetro 0 al 104. Para 2002 se autorizaron las obras de Villa Unión a Concordia, Sinaloa. Fue en 2003 cuando la Secretaría de Comunicaciones y Transportes (SCT) pidió el permiso de impacto ambiental para los últimos túneles.
En la solicitud existen inconsistencias entre el número de túneles planeados (49) y los que en realidad se construyeron (53). Además, se omitió la ubicación del principal puente, El Baluarte, que actualmente es el más alto del mundo y el segundo más largo de América Latina, con casi dos kilómetros.
Tampoco se indicó dónde se depositaría el material extraído de la excavación de los túneles, que era equivalente a 700 mil metros cúbicos de tierra y piedras, ni se se explicó cómo se protegería a la fauna de la zona, que incluye cuatro especies de mamíferos, siete de aves y una de anfibios en riesgo de extinción.
A pesar de esas fallas, la construcción concluyó en octubre de 2013 y fue entregada por Enrique Peña Nieto, por lo que el representante legal de los ejidatarios dueños de la tierra por donde pasa la autopista, Ernesto Pérez Virgen, anunció que sus representados demandarán a la Presidencia de la República y a la SCT la reparación de los daños ambientales, ya que no les han pagado sus tierras.
La denuncia incluirá a los ex presidentes panistas Vicente Fox Quesada y Felipe Calderón Hinojosa debido a que ambos alentaron los a pesar de que violaban la Ley de Protección Ambiental.
